哈工大表观遗传学

上一课重点内容回顾主要的概念：•遗传标记主要的知识点：•各遗传标记的原理，如RFLP、AFLP、PAPD、微卫星、小卫星、SNP哈工大-遗传学第十四章表观遗传学第十四章表观遗传学哈工大-遗传学第十四章表观遗传学表观遗传学：是研究不涉及DNA序列改变的可遗传的基因表达的改变。研究内容主要包括：DNA甲基化基因组印记组蛋白修饰染色质重塑RNA介导的基因沉默哈工大-遗传学第十四章表观遗传学第一节DNA甲基化哈工大-遗传学第十四章表观遗传学一、DNA甲基化及其特点DNA甲基化是指在DNA复制后，在甲基化转移酶的催化下，以S-腺苷甲硫氨酸（SAM）为甲基供体，将甲基集团连接到DNA分子的腺嘌呤或胞嘧啶碱基上，进行DNA修饰的过程。在哺乳动物中甲基化主要发生在胞嘧啶(C)上，而且几乎所有的甲基化胞嘧啶都发生在CpG二核苷酸。哈工大-遗传学第十四章表观遗传学DNA甲基化在不同物种的分布特点不一致：在哺乳动物中70%的CpG位点是甲基化的且多数是对称的，而在一些植物和真菌对称和非对称的甲基化几乎相同；在一些物种中甲基化分布虽然不如哺乳动物广泛，但却是必不可少的，如拟南芥中；有些物种中不存在DNA甲基化，如线虫；有些物种中的甲基化并非主要发生在CpG二核苷酸，如果蝇的DNA甲基化非常少，但却主要发生在CpT二核苷酸；哈工大-遗传学第十四章表观遗传学在哺乳动物中：大于60%的基因启动子区存在CpG岛；CpG岛：总长大于200bp，C和G含量大于55%，其中CpG二核酸的含量在总的C和G中大于60%的DNA序列。大多数的CpG岛中的CpG二核酸甲基化状态一致且多数是非甲基化的，即多数的CpG岛处于非甲基化状态；CpG岛的DNA甲基化是调控基因表达的开关，一般情况下，甲基化的CpG岛与基因沉默相关，非甲基化的CpG岛与基因活化相关；哈工大-遗传学第十四章表观遗传学二、与DNA甲基化有关的酶类DNA甲基化有两种方式，维持甲基化和重新甲基化，所以相应的甲基化酶也分为两类：维持DNA甲基化转移酶和重新甲基化转移酶。维持甲基化酶可识别半甲基化的CpG并以其为模板将未非甲基化的CpG进行甲基化修饰。维持甲基化能够保证不同发育阶段和不同细胞世代的甲基化状态的稳定遗传。重新甲基化酶可对未甲基化的CpG进行甲基化修饰。DNA的从头甲基化主要发生在胚胎发育的早期，所以该类酶主要在早期表达。哈工大-遗传学第十四章表观遗传学DNMT3：在小鼠、人类和斑马鱼中得到鉴定，包括DNMT3a和DNMT3b，在未分化的胚胎干细胞中高表达，但在体细胞中低表达，主要作用是重新甲基化，但对维持甲基化也起一定的作用，并且是负责重复序列的甲基化；目前在真核生物中发现的DNA甲基化转移酶：DNMT1/MET1：最初从小鼠分离，后来在拟南芥中也分离到同源序列（MET1）在生殖细胞中广泛表达，目前认为，该酶主要参与CG序列甲基化的维持；哈工大-遗传学第十四章表观遗传学蛋白生物主要特性DNMT1小鼠CpG维持MET1(RTS2)拟南芥CpG维持DIM-2脉孢菌CpN重新CMT3拟南芥CpNpG维持DNMT3a小鼠CpG维持、CpG重新DNMT3b小鼠CpG维持、CpG重新DRM2拟南芥CpN重新DNMT2动物未知RID脉孢菌RIP必需DNMT3L小鼠DNMT3辅助因子真核生物DNA甲基化转移酶哈工大-遗传学第十四章表观遗传学甲基化的DNA也会发生去甲基化，主要有两种方式：主动去甲基化和被动去甲基化。主动去甲基化：在DNA去甲基化酶的催化下，5mC的甲基基团与胞嘧啶的C-C键断裂，从而使甲基化去除的过程；DNA去甲基化酶首先在鸡胚核抽提物中发现，其特异作用的底物是CpG中甲基化的胞嘧啶，因此称为5-甲基胞嘧啶糖苷酶，其作用依赖于RNA，局部的DNA修复最终将嘧啶以核苷形式加至原处。被动去甲基化：若DNA甲基化转移酶或其相关因子异常导至DNA甲基化不能发生，则随着DNA的复制，DNA甲基化逐渐被稀释；哈工大-遗传学第十四章表观遗传学一般来说，DNA甲基化与基因表达呈负相关，不仅启动子区高甲基化与基因表达呈负相关，基因内部的甲基化与基因表达也存在着弱的负相关。在体外，已甲基化的序列转入细胞后可抑制表达。相反，许多内源基因在经甲基化抑制剂处理后被激活。三、甲基化的功能---参与基因的表达调控哈工大-遗传学第十四章表观遗传学例1：DNA甲基化与基因组印记遗传印记是指在配子或合子发生期间，来自亲本的等位基因或染色体在发育过程中产生专一性的加工修饰，导致后代体细胞中两个亲本来源的等位基因有不同的表达活性。例2：DNA甲基化与组蛋白去乙酰化大量实验表明，在DNA甲基化的区域，组蛋白普遍发生去乙酰化。同时DNA甲基化与组蛋白去乙酰化对转录的抑制具有协同效应。哈工大-遗传学第十四章表观遗传学例3、DNA甲基化与胚胎发育胚胎在发育和分化过程中，DNA序列并没有改变，但在特异性组织和器官中基因表达有特定的模式，研究表明这种遗传外改变与DNA甲基化有关。例4、DNA甲基化与肿瘤与正常组织相比，肿瘤组织总体甲基化水平降低，而局部区域(如：肿瘤抑制基因的启动子区)甲基化水平升高；目前几乎在所有类型的肿瘤中均发现了甲基化水平的异常，主要是原癌基因的甲基化水平降低和抑癌基因的甲基化水平每升高；哈工大-遗传学第十四章表观遗传学例5、DNA甲基化与X染色体失活染色体失活受基因Xist的调控。Xist基因转录产物DNA长15kb，能将整个X染色体覆盖，使其失活。在失活的染色体上，大部分CpG是甲基化的，在活化的染色体是非甲基化的。同时,Xist基因5′端在活性X染色体中是完全甲基化的，而在失活X是非甲基化的。哈工大-遗传学第十四章表观遗传学四、DNA甲基化调节基因表达的机制DNA甲基化调节基因表达有三种可能的机制：(1)CpG岛的甲基化干扰了一些转录因子(TF)与基因调控区的结合，这可能是因为甲基从DNA分子的大沟中突出，阻止了转录因子与基因相互作用。已知许多转录因子都对其同源结合位点的甲基化敏感。哈工大-遗传学第十四章表观遗传学(2)甲基化DNA与甲基化DNA结合蛋白结合，甲基化DNA结合蛋白阻碍转录因子的结合从而抑制基因的转录。如MeCP1(甲基CpG结合蛋白)与DNA甲基化区域相结合。然后通过改变某些区域的结构间接地阻止基本转录因子与DNA结合。哈工大-遗传学第十四章表观遗传学(3)DNA甲基化改变染色质结构，从而调节基因的转录。如组蛋白H1及H1家族的一些蛋白(如磷酸化的MDBH-2)可改变染色质结构，并可抑制卵黄生成素Ⅱ基因的转录。已证实DNA甲基化与组蛋白去乙酰化正相关，而乙酰化是调控基因表达的一重要方式。哈工大－遗传学第十六章表观遗传学第二节基因组印记哈工大－遗传学第十六章表观遗传学一、印记的发现基因组印记？组织或细胞中，基因的表达具有亲本选择性，即只有一个亲本的等位基因表达，而另一亲本的等位基因不表达或很少表达的现象，相应的基因则称为印记基因父系不表达称父系印记母系不表达称母系印记哈工大－遗传学第十六章表观遗传学•HelenCrouse于1960年在昆虫中首次提出XX×一、印记的发现哈工大－遗传学第十六章表观遗传学•McGrath和Solter的小鼠核移植实验(1984)：种质细胞在受精发育过程中雄原核替代雌原核胚胎组织雌原核替代雄原核胎盘组织胚胎死亡可见，父系和母系基因组在发育过程中担负的任务是不同的，且两者同时存在是正常发育所必需的一、印记的发现哈工大－遗传学第十六章表观遗传学•DeChiara小鼠Igf2基因敲除实验(1991)：父系敲除，则发育成的动物个体小母系敲除，则动物的个体没有变化雌性敲除小鼠，它们后代的个体大小也没有变化进一步的实验证实父系的等位基因被敲除后，Igf2不再表达首次证实了印记基因的存在小鼠Igf2基因为第一个被鉴定的印记基因一、印记的发现哈工大－遗传学第十六章表观遗传学•1993年Rainier等和Wgawa等首次发现基因组印记也存在于人类，印记松驰或缺失可能导致癌症；•90年代末到现在，相继在羊、牛和猪等家畜中也发现印记基因的存在，一些印记基因还是重要经济性状的主效基因，对家畜的胚胎发育和出生后生长起着重要的调控作用；一、印记的发现哈工大－遗传学第十六章表观遗传学迄今为止，除人类和哺乳动物外，报道印记的物种还有有袋类动物和种子植物。而在鸟类、鱼类、爬行类和两栖动物中普遍认为不存在印记。一、印记的发现哈工大－遗传学第十六章表观遗传学(1)印记基因成簇存在印记控制中心(imprintingcontrolelements，ICE)交互印记二、印记基因的特点(2)非编码RNA基因通常延伸数百kb，以顺式作用调控邻近编码基因的表达；“正义”RNA基因，如H19、XIST反义RNA基因，如Igf2r/Air、UBE3A/UBE3A-ASmicoRNA基因其他RNA基因哈工大－遗传学第十六章表观遗传学(3)差异甲基化区域差异甲基化区域(differentiallymethylatedregion，DMR)，是指染色体上甲基化状态具有亲本特异性的区域，即来源于不同亲本的DNA序列甲基化状态不同的区域差异甲基化主要发生在基因的启动子区，少数在外显子，现已发现的印记基因大多数具有DMR或受DMR调控。二、印记基因的特点哈工大－遗传学第十六章表观遗传学(4)印记具有组织及发育阶段多态性小鼠Dcn仅在胎盘中为母系表达，但在15.5天后的胎儿组织中则表现为双亲表达(Mizunoetal.,2019)人KCNQ1基因在多数组织表现为父系印记，但在心脏中则表现为双亲表达(Leeetal.,2019)小鼠Grb10基因在多数组织器官中是父系印记，但在大脑中是双等位基因表达，而成体的大脑中则倾向于父本等位基因表达(Hikichietal.,2019)二、印记基因的特点哈工大－遗传学第十六章表观遗传学(5)印记基因遗传印记的保守性即大多数印记基因在不同的物种中印记状态与印记方向一致；如PEG10基因在人、鼠、牛、猪、羊等物种中均表现为母系印记。二、印记基因的特点哈工大－遗传学第十六章表观遗传学基因名位置(染色体)印记状态人小鼠人小鼠COMMD1211否父系PLAGL1610母系母系IGF2R617父系父系GRB10711多态多态PEG1076母系母系PPP1R9A76父系父系DLX576父系父系MEST76母系母系COPG276母系父系H19117父系父系IGF2117母系母系IGF2AS117母系母系TSPAN32117否母系TSSC4117否父系KCNQ1117父系父系KCNQ1OT1117母系母系CDKN1C117父系父系在人类和小鼠中签定的印记基因(部分)哈工大－遗传学第十六章表观遗传学6833144人类共同小鼠514382019年12月igc.otago.ac.nz/home.htmlmgu.har.mrc.ac.uki/printing/implinkhtml哈工大－遗传学第十六章表观遗传学三、基因组印记的分子机制(1)、H19和Igf2的边界元件作用模式Igf2和H19分别位于人和小鼠的11号和7号染色体；位于同一基因簇内，位置相邻，Igf2位于上游；交互印记(Igf2母系印记，H19父系印记)；在H19基因的上游均有DMR控制基因的表达；在H19下游存在一个增强子；Igf2和H19之间存在一个ICE，也是DMR；1、印记基因表达调控的经典实例哈工大－遗传学第十六章表观遗传学增强子阻遏蛋白(CTCF)H19甲基化启动子印记控制中心Igf2H19增强子♀Igf2增强子♂Igf2不转录H19转录Igf2转录H19不转录哈工大－遗传学第十六章表观遗传学(2)、Igf2r和Air的印记盒调控模式ADS：等位基因差别信号DNS：重新甲基化信号ADP：ADS特异结合蛋白DNP：DNS特异结合蛋白H1-H4甲基化位点Air哈工大－遗传学第十六章表观遗传学AirAir哈工大－遗传学第十六章表观遗传学Xist基因Tsix启动子PXiXist基因PXaXa：有活性的X